食用菌培植原料的滅菌，基本方法只有一種，即濕熱滅菌法。
但現實中根據菇種要求、前處理、原料種類和含水量等不同，實際滅菌操作的參數指標是多元化的，以往的觀念里，都把滅菌簡單分為常壓滅菌和高壓滅菌，相對說的溫度也就是100℃和121℃、126℃三個梯度，這是指使用常規定型設備，在不做特殊處理的前提下，實現滅菌目標的溫度壓力基準模式。
事實上，滅菌效果的達成，溫度和時間都是相關因子，且都是正相關的關系，但不是線性關系，所以，只要達到合理的搭配，100℃以上任何溫度標準都可以有效完成滅菌，只是達到標準后的保持溫度的時間會不同。甚至輔以化學手段的話，溫度都可以降低至100℃以下！
具體到什么溫度多少時間，別說這個問題很簡單，回答起來不容易。隨便估計一下，出來差錯，損失可就不是一點點。實際生產和實驗室工作，完全是兩回事的，這是責任和成本的雙重壓力都有的。
因此，許多生產者的滅菌程序都是寧過勿欠，這個從保險角度是正確的做法，但實際上也并不是合理的。
與滅菌效果相關的因素，操控方面當然是溫度和時間的組合，但考量這個組合，需要的依據是不一樣的，而且由于設備的限制，通常溫度（也可以說是壓力/壓強）是不能隨意的。
由于設備的強度，帶來的滅菌溫度不一樣，我們現在實際使用的食用菌滅菌方法大致上可以劃分為如下幾種：
1、常壓滅菌，指不含固定容器或者容器缺乏壓力抗性、或不完全密封，滅菌時原料溫度以不低于98℃為基準的方式。這種方式實際保持滅菌空間溫度的時間比較長，因為一方面是溫度低，二是主要用于封閉嚴格的袋栽模式，熱傳導比較慢，延時是為了保障效果。另一方面如果菌袋堆砌緊實的話，也要增加熱傳導難度。還有一個重要因素是原料的含水量，含水量低，導熱也慢，所以常壓滅菌的實際加熱保溫時間，少則10-12小時，多則36-48小時。特別長時間的都是因為堆太大，堆得密實，一次性量特別多。
2、高壓滅菌，這個和其他工業上的高壓意思差距很大，不過是指蒸汽壓強0.15MP的上限而已。高壓滅菌有兩套應用標準，一套是對液體培養基的標準，121℃，約0.1MP，0.5小時。另一套是對固體培養基（含水量≥60%）的標準，126℃約0.14-0.15MP，1.5小時。實際應用時，有人根據自身條件做些調整，以124℃為標準，1.6-1.8小時的也可以。
3、亞高壓，在大型方形滅菌鍋上應用較多。大致的滅菌溫度在110℃左右，滅菌保溫時間3-4小時不等。亞高壓滅菌是一種相當于見機行事的滅菌模式，是規避大容量帶來的對設備安全隱患而做的一種變通妥協。
4、次高壓，也稱微壓滅菌，這是在常壓滅菌基礎上稍作加強的另一種變通，如果使用比較結實的材料制作滅菌容器，在蒸汽壓強僅0.12-0.13MP范圍，溫度105-107℃的情況下，也可以有效縮短滅菌時間，保障滅菌效果其滅菌保溫時間為5-6小時。
5、二次滅菌，也叫間歇滅菌，溫度100℃保持1小時后，自然冷卻至常溫，然后第二天重復一次上述操作。其原理是殺死活體雜菌，冷卻后休眠體萌發，然后在休眠體沒有重新形成之前再次殺滅活體。這個方法要注意不能擠壓，避免冷卻不透和太慢，導致休眠體得不到萌發條件。所以不適合外界氣溫25℃以上的情況。
6、誘導萌發滅菌，是指在滅菌前對原料進行一定的發酵，誘導雜菌休眠體萌發，這樣，滅菌所需時間就大為縮短。但因為缺少有效的控制手段，誘導效果難以掌握，通常發酵時間控制在48小時之內，發酵溫度不高，保證透氣性，以增加誘導萌發效果。滅菌100℃保溫時間為3-5小時。
7、發酵熟料，和上述誘導萌發滅菌不同的是，它主要不考慮休眠體萌發，而是考慮通過發酵產生混合的多種類型的抗生素，在較短時間的滅菌過程里對抗生素破壞不嚴重，使得休眠體萌發被抑制。這個方法要求的100℃滅菌時間為2-4小時，忌諱過長，過長抗生素破壞嚴重，效果反而更差，同時對前發酵的掌握也需要較高的技巧。該方法的原料消耗較為明顯，對最后的生物學效率有些影響。
這個方法的實際操作，由于常壓滅菌堆砌導致升溫降溫時間的延長，不需要100℃就可以達到效果，所以，采取停止加熱后燜鍋的方法，一般是加熱到滅菌空間氣溫100℃停火或者料溫達到80℃略高些，也足夠了。由于這個方法實際上是后期抗生素類物質起作用抑制雜菌，嚴格的說，不能叫滅菌了。大量使用時，溫度時間各人有所差別，少量做試驗時，在手提鍋內壓強上升至120℃立即停火泄壓出鍋也可以。
這種方法的特殊性在于可以比較開放的接種，這樣處理的原料對絕大部分常見雜菌有抗性，但必須在較短時間里完成發菌。因為它實際上是帶雜的，當隨著時間延長其中抑菌物質降解，如果不能完成發菌，也是會出現污染的。
以上七種方法都是純物理的，后三種屬于變通的形式，因此對初學者效果的可靠度略差，需要經驗去掌控。但基于操作的簡單易行和條件要求低，能耗低，在實際生產上應用還是很多，特別是在平菇類培植上，幾乎是主流方式了。
但現在有一種物理化學結合的方法，叫中溫滅菌，這種方法目前國內有多家產品在市面上流通，其方法是結合高溫和化學滅殺的雙重作用，降低滅菌溫度要求并大幅度縮減時間，而同時并不需要設備能夠耐壓。
中溫滅菌的藥物，要求是無殘留毒害，目前因為配方比較混亂，名稱也各行其是，比如有些產品叫中溫滅菌劑，而有些產品叫促酵劑。
這個方法的好處是不必加熱那么高溫度，也無需長時間保溫，相當節能，不過弊病是拌料操作要求高，不勻則無效，同時價格也比較高，經濟效益體現不夠，所以現在看起來，北方和高海拔地區應用比較多，因為那里不光是需要節能，而且確實難以達到足夠的高溫。而在南方，應用的優勢就不那么大了。
